A Análise Psico-Orgânica foi introduzida no Rio de Janeiro pela psicóloga e psicoterapeuta Silvana Sacharny. Após voltar ao Brasil em 1992, ao completar sua formação como psicoterapeuta na Escola Francesa de Análise Psico-Orgânica (EFAPO), Silvana iniciou uma trajetória de ensino por meio de cursos básicos em Massagem Biodinâmica e Análise Psico-Orgânica. O trabalho, cada vez mais vinculado à escola francesa, reuniu um círculo de profissionais interessados no método, oriundos de diversas áreas da saúde e da educação.
​
Paul Boyesen, fundador e diretor da EFAPO na época, e Anne Fraisse (in memoriam), cofundadora e formadora da escola, realizaram durante alguns anos workshops no Rio de Janeiro. O movimento amadureceu até que, em julho de 1998, foi iniciado o primeiro grupo de formação de psicoterapeutas em Análise Psico-Orgânica no Rio de Janeiro e a fundação do CEBRAFAPO (Centro Brasileiro de Formação em Análise Psico-Orgânica). 

​

Em 2020, a formação se estendeu para São Paulo, com o apoio dos psicoterapeutas em APO Andrea Lomando e Luciano Maresca, e segue a mesma estrutura da escola francesa em termos de programa de ensino, duração e princípios éticos. 

​

Os representantes e formadores da EFAPO no Brasil são Muriel Jam, Éric Champ e Marc Tocquet, que vêm ao país duas vezes por ano para ministrar seminários intensivos dos grupos em formação e também dar supervisão aos psicoterapeutas já formados.